Монгол үндэстний түүхийг цогцоор нь илэрхийлэх үзмэр цуглуулга бүрдүүлэх, Монгол нутагт хүн анх үүссэн нэн эртний үеэс эхлээд ардчилсан Монгол Улсын нэн шинэ түүхийн бүхий л цаг үеийг гэрчлэх үзмэр, эд өлгийг археологийн олдвор, түүхийн баримт, эх сурвалж, угсаатны зүй, соёлын биет болон биет бус өв дурсгал, гэрэл зураг, урлагийн бүтээл зэрэг төрлөөр сан хөмрөгийг баяжуулж, цуглуулгыг шинжлэх ухаанч үндэслэл, арга зүйгээр судалж, олон улсын жишигт нийцүүлэн хадгалан хамгаалж, үндэсний болон дэлхийн хэмжээнд сурталчлан түгээх, цахим технологийн дэвшил, инновацыг музейн орчинд нэвтрүүлж, орчин үеийн чиг хандлагад нийцүүлэн ажиллаж байна.
2008 онд Монгол Улсын Засгийн Газрын 129 тоот тогтоолоор тухайн үеийн Монголын Үндэсний түүхийн музейг "Монголын Үндэсний музей" болгон чиг үүрэг, статусыг өөрчилсөн. Соёлын яам байгуулагдсанаас хойш 2021 онд "Музейн тухай хууль", "Соёлын өвийг хамгаалах тухай хууль"-иуд шинэчлэн батлагдсантай холбогдуулан Монголын Үндэсний музей үзэл баримтлалаа шинэчилэн, үзүүллэг дэглэлтийн төлөвлөгөө боловсруулан 2022 оны 6 дугаар сарын 14-ний өдөр Соёлын сайдаар батлуулан ажиллаж байна.
ССАЖЗ Сайдын 2026 оны 01 дүгээх сарын 05-ны А/1 тоот тушаалаар Монголын Үндэсний музейн бүтэц дүрмийг шинэчлэн батласан.
Монголын Үндэсний музейн захирлын дэргэд 7 зөвлөл ажилладаг: МҮМ-н эрдмийн зөвлөл, Захиргааны зөвлөл, Мэргэжил-арга зүйн зөвлөл, Сан хөмрөгийн зөвлөл, Өмч хамгаалах байнгын зөвлөл, Ёс зүйн дэд хороо, Залуучуудын зөвлөл.