Зохион байгуулалтын бүтцийн хувьд 4 газартай, 54 ажилтантайгаар үйл ажиллагаа явуулж байна.
Монголын Үндэсний Музей нь монгол нутагт хүн анх аж төрж эхэлсэн хуучин чулуун зэвсгийн үеэс эдүгээ хүртэлх нүүдэлчдийн түүх, соёлын өв, угсаатны зүй, уламжлалт зан заншлыг харуулсан байнгын үзүүллэгийн 10 танхимтай, сан хөмрөгтөө 60 гаруй мянган үзмэр хадгалж, дэлгэн үзүүлдэг үндэсний хэмжээний тэргүүлэх музей юм.
Захиргаа, төлөвлөлтийн газар нь музейн үндсэн үйл ажиллагааг бодлого, удирдлагаар хангах, удирдлага-менежментийг хэрэгжүүлэх, сан хөмрөгийг болзошгүй эрсдэлээс урьдчилан сэргийлэх, үнэлэх, бүртгэл-мэдээлэл, санхүү болон музейн өдөр тутмын үйл ажиллагааг тасралтгүй, хэвийн явуулах нөхцөлийг бүрдүүлэн ажиллана.
Эрдэм шинжилгээ, сан хөмрөгийн газар нь Монгол Улсын үндэсний язгуур ашиг сонирхолд нийцсэн эрдэм шинжилгээ, судалгааг гүйцэтгэж, музейн цуглуулгын судалгаа, археологи, угсаатны зүйн хээрийн судалгаа, үзүүллэг дэглэлт, гадаад, дотоодын үзэсгэлэнд оролцох ажлыг зохион байгуулна.
Мэргэжил, арга зүйн газар нь улс, орон нутгийн музейг мэргэжил, арга зүйгээр хангах чиг үүргийг хэрэгжүүлж, музейн холбогдолтой хууль, дүрэм, журам боловсруулахад оролцох, мэргэжил, арга зүйн ном, сурах бичиг, гарын авлага, зөвлөмж, мэдээллийн сан бүрдүүлэх ажлыг зохион байгуулна.
Маркетинг, боловсрол, үзэсгэлэнгийн газар нь музейн үйл ажиллагаа, үйлчилгээг олон нийтэд сурталчлан таниулах, хүүхэд, залуучуудыг соён гэгээрүүлэх, боловсрол-танин мэдэхүйн хөтөлбөрөөр дамжуулан эх оронч үзэл төлөвшүүлэх зорилтот үйл ажиллагааг хэрэгжүүлнэ.